O Plan de Acción Anual é o instrumento de planificación da Axencia que inclúe as actividades que se realizarán no ano correspondente para acadar os seus obxectivos. Estrutúrase en torno a seis eixos de vertebración da acción: consolidación e desenvolvemento estrutural da Axencia, xestión de instrumentos de financiamento, avaliación científico-técnica, seguimento de subvencións, xestión de convenios e comunicación, difusión e representación en foros de I+D. A través destes eixos descríbense todas as accións previstas. Para cuantificar o grao de cumprimento, inclúese para cada actividade unha estimación da carga de traballo, o indicador da carga real e o obxectivo proposto de finalización no ano en curso. A súa regulación determínase no artigo 15 da Lei 28/2006, do 18 de xullo, de axencias estatais para a mellora dos servizos públicos, e no artigo 23 do Estatuto da axencia estatal de investigación. Os plans de acción anuais son aprobados polo Consello de Goberno da Axencia no mes de xaneiro.