Presidenta: Raquel Yotti Álvarez. Ver currículum
O presidente da axencia é o xefe da Secretaría Xeral de Investigación. Polo tanto, non ten unha estrutura de recursos humanos específicamente unida ao AEI.
Segundo o Estatuto da AEI, as seguintes funcións corresponden ao presidente da Axencia:
- Posuír a máxima representación institucional e legal da Axencia, presidir o seu Consello de Goberno e velar polo cumprimento do seu obxecto, fins e funcións.
- Convocar as sesións do Consello de Goberno.
- Solicite lazos co seu voto, para adoptar resolucións, no seo do Consello de Goberno.
- Presentar o informe anual de actividades da Axencia ao Consello de Goberno.
- Informar os departamentos ministeriais competentes e outras institucións estatais sobre a execución e cumprimento dos obxectivos fixados no contrato de xestión da Axencia.
- Celebrar acordos de colaboración, memorandos de entendemento, acordos de execución ou instrumentos legais de calquera outra natureza que poidan xerar compromisos e obrigas para a Axencia, sen prexuízo das delegacións que, no seu caso, se establezan.
- Instar ao xefe do Ministerio de Facenda e Función Pública que autorice as variacións orzamentarias necesarias.
- Propoñer ao Consello de Goberno o nomeamento e destitución do director da Axencia.
- Propoñer ao Consello de Goberno o nomeamento dos membros da Comisión de Control.
- Exercer os demais poderes e funcións que lle atribúen este Estatuto, o Consello de Goberno e as disposicións vixentes.