L'Agència Estatal d'Investigació compta amb un Canal de Denúncies Intern, que permet la recepció i tractament de les denúncies sobre corrupció o conflicte d'interessos, conductes irregulars, infraccions administratives greus o molt greus, delictes o incompliments normatius i compromisos interns establerts a la entitat relacionada amb l'activitat exercida per l'Agència Estatal d'Investigació.

Aquest Canal de Denúncies està disponible a la Intranet de l'Agència (https://aeinet.cienred.ciencia.gob.es/).

La publicació i entrada en vigor de la Llei 2/2023, de 20 de febrer, reguladora de la protecció de les persones que informin sobre infraccions normatives i de lluita contra la corrupció, estableix a l'article 5 l'obligació de crear i implantar un sistema Intern d'Informació que ha d'integrar els diferents canals interns d'informació que hi ha a l'Entitat, així com comptar amb una política que enunciï els principis generals en matèria del Sistema Intern d'Informació i defensa de l'informant i que sigui degudament publicitada al si de lentitat o organisme.

L'ús d'aquest Canal comporta una responsabilitat, ja que està destinat únicament a la presentació d'informacions sobre presumptes infraccions del dret de la Unió Europea i infraccions penals o administratives greus o molt greus, segons el que preveu la Llei 2/2023, de 20 de desembre. febrer, reguladora de la protecció de les persones que informin sobre infraccions normatives i de lluita contra la corrupció, a l'àmbit de l'Agència Estatal d'Investigació.

L'Agència Estatal de d'Investigació compta també amb un Canal de Denúncies Extern disponible dins de la seva web:

https://www.aei.gob.es/ca/sobre-aei/plans-aei/pla-mesures-antifrau