L'AEI participa als següents òrgans de govern d'àmbit europeu:
- GPC-ERAC: Grup d'Alt Nivell de l'Espai Europeu de Recerca (ERA, per les sigles en anglès) per a la definició de la Programació Conjunta. Creat pel Consell Europeu i la Comissió Europea. L'AEI participa en aquest grup juntament amb el CDTI.
- Grup de Programació Conjunta: Creat el 2016 per recomanació del full de ruta espanyol cap a l'Espai Europeu de Recerca (ERA, per les sigles en anglès). L'AEI ostenta la coordinació del Grup constituït per representants de la pròpia AEI, CDTI, ISCIII, INIA, FECYT i amb participació del Ministeri de Ciència i Innovació.
- JPI WATER: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la investigació sobre aigua. L'AEI participa al consell de govern i al consell executiu. L'AEI coordina, a més, un dels projectes europeus amb cofinançament de la UE, WaterWorks 2014.
- JPI OCEANS: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la investigació sobre oceans. L'AEI participa com a país associat.
- JPI CLIMA: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb l'observació del clima. L'AEI participa com a país associat.
- JPI CULTURAL HERITAGE: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la investigació en patrimoni cultural europeu. L'AEI participa com a país associat.
- JPI HDHL: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb dieta i vida saludable. L'AEI participa als seus òrgans de govern juntament amb l'ISCIII.
- JPI MYBL: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la investigació sobre envelliment. L'AEI participa al consell de govern juntament amb l'ISCIII.
- JPI AMR: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb investigació sobre resistència antimicrobiana. L'AEI participa als seus òrgans de govern juntament amb l'ISCIII.
- JPND: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la investigació sobre Alzheimer i altres malalties neurodegeneratives. El CDTI participa als seus òrgans de govern juntament amb l'ISCIII. L'AEI manté una posició de seguiment.
- JPI URBAN: Iniciativa de programació conjunta relacionada amb la recerca en la gestió global de les ciutats, inclou aspectes socials i de sostenibilitat. L'AEI participa com a observador.
- JTI ECSEL-JU: Empresa comuna de recerca sobre nano electrònica i sistemes integrats. L'AEI participa als grups d'agències finançadores i de definició d'àrees estratègiques juntament amb la Secretaria d'Estat de Digitalització i Intel·ligència Artificial (SEDIA-MAETD).
A Horitzó Europa, el testimoni d'ECSEL ha estat pres per la nova empresa comuna Key Digital Technologies (KDT JU), sota l'art. 187 del TFUE. L'AEI participa des del 2020 en la definició del programa KDT juntament amb la SÈDIA. L'AEI finançarà la participació d'entitats acadèmiques, mentre que la SEDIA finançarà la participació del sector privat. - JTI Euro-HPC-JU: Empresa comuna per a la computació d'alta eficàcia europea. L'AEI participa al consell de govern juntament amb el MCIN.
L'AEI participa als següents òrgans de govern fora de l'àmbit europeu:
-
Programa CRCNS. Acord de col·laboració amb els Estats Units sobre neurociència computacional, signat per la National Science Foundation (NSF), els National Institutes of Health (NIH) i el Department of Energy (DOE) dels Estats Units i per l'Agència Estatal de Recerca i l'Institut de Salut Carles III, per part d´Espanya. L'any 2018 l'AEI i l'Institut de Salut Carles III van signar un conveni tripartit de col·laboració amb la National Science Foundation dels EUA (NSF) que va donar accés al programa CRCNS. Aquest és un programa molt competitiu en què només hi participen quatre països, a més d'Espanya i els EUA: el Japó, França, Alemanya i Israel.
-
CYTED. Programa de Ciència i Tecnologia per al Desenvolupament, creat pels governs dels països iberoamericans per promoure la cooperació en temes de ciència, tecnologia i innovació per al desenvolupament harmònic d'Iberoamèrica.
-
EU-CELAC Interest Group. Compost per 28 agències de finançament d'Amèrica Llatina, el Carib i Europa que vulguin col·laborar en ciència, tecnologia i innovació biregionals (CTI), i la implementació de l'Espai Comú de Recerca UE-CELAC mitjançant accions conjuntes.
-
European Interest Group (EIG) Concert Japan. És una iniciativa conjunta internacional per donar suport i millorar la cooperació en ciència, tecnologia i innovació (CTI) entre els països europeus i el Japó.