El Sistema de registro de Entidades (SISEN) es un sistema de registro y administración de entidades (personas jurídicas públicas o privadas objeto de ayudas) y de sus representantes legales, en el que se recogen los datos de las entidades que tienen relación con la Agencia Estatal de Investigación como posibles beneficiarios de ayudas de I+D+I. Mediante este sistema los ciudadanos pueden registrar las entidades e identificarse como representantes legales de estas, con el objeto de realizar todas las gestiones.
Esta aplicación está dirigida a los representantes legales de las distintas entidades con las que la AEI interactúa. A través de esta aplicación se generan y firman peticiones de alta de entidades y de sus representantes legales, y se mantiene la información corporativa y de contacto de la entidad, así como la estructura organizativa de la misma. Esta aplicación es un punto único de presentación de la documentación de la entidad (estatutos, apoderamientos, tarjeta fiscal, etc.), con lo que la documentación que aportan los representantes legales es utilizada por todos los sistemas de tramitación de la AEI para todas las convocatorias.