AEIren eta Murtziako Unibertsitatearen arteko lankidetza hitzarmen espezifikoa, Murtziako Unibertsitateko ikerketa taldeetan profil tekniko handiko ikertzaile langileak sartzeko kontratu deialdietara aurkeztutako eskaeren ebaluazio zientifiko-teknikoa egiteko.” (PIT2) eta Murtziako Unibertsitateko doktorego osteko kontratuak, 2017rako uztailaren 28ko 2018rako ikerketa sustatzeko plan propioan kokatuta (Abuztuaren 15eko BOE)

AEIren eta Osasun Berrikuntza eta Ikerketarako Euskal Fundazioaren (BIOEF) arteko lankidetza hitzarmen espezifikoa, gaixotasun neurodegeneratiboetan ikerketarako beken deialdiaren ebaluazio zientifiko-teknikoa egiteko, 2017ko uztailaren 25a (Abuztuaren 10eko BOE)

Ikerketa Estatuko Agentziaren eta San Antonio Unibertsitate Katolikoaren arteko lankidetza hitzarmen espezifikoa, ikerketa talde proiektuak aurrera eramateko diru-laguntzen deialdiaren ebaluazio zientifiko-teknikoa egiteko, 2017ko otsailaren 21ekoa (2017ko otsailaren 3ko BOE Martxoa).

AEIren eta Senefro Fundazioaren arteko berariazko lankidetza hitzarmena, 2017ko ekainaren 29ko nefrologian ikerketarako beken 2017ko deialdiaren ebaluazio zientifiko-teknikoa egiteko (Uztailaren 14ko BOE)

AEIren eta Fundazioaren Mutua de Terrassa per la Docència i Recerca Biomèdica i Social-en arteko lankidetza hitzarmen espezifikoa, 2017ko martxoaren 14ko FMT bekaren XIII. Deialdiaren ebaluazio zientifiko-teknikoa egiteko (apirilaren 5eko BOE)

Convenio de asistencia jurídica entre la Abogacía General del Estado y la Agencia Estatal de Investigación, M.P. (BOE de 27 de enero de 2025)

Resolución de 3 de julio de 2025, de la Subsecretaría, por la que se publica el Convenio entre la Agencia Estatal de Administración Digital y la Agencia Estatal de Investigación, para la prestación del servicio centralizado de Nómina Estándar de la Administración General del Estado y el Servicio de visualización de nóminas Servinómina. (BOE de 9 de julio de 2025)

Resolución de 3 de julio de 2025, de la Subsecretaría, por la que se publica el Convenio entre la Agencia Estatal de Administración Digital y la Agencia Estatal de Investigación, M.P., para la prestación de los servicios asociados a la utilización de la «Gestión Integrada de Servicios de Registro» como aplicación integral de registro. (BOE de 9 de julio de 2025)

Convenio entre la Agencia Estatal de Administración Tributaria y la Agencia Estatal de Investigación, para la recaudación en vía ejecutiva de los recursos de naturaleza pública de dicho ente. (BOE de 31 de marzo de 2022)

Convenio entre la Agencia Estatal de Investigación con el Consejo de Seguridad Nuclear, para la colaboración en la gestión de la evaluación de proyectos de I+D+i. (BOE 22 de julio de 2022)